十三、命名与流通
在这次法会上，释尊首先演说了药师如来本行菩萨道时所发十二大愿，以及愿力成就的殊胜功德。接着，文殊菩萨、阿难尊者、救脱菩萨又对药师佛巍巍功德作了具体阐释。在佛菩萨开示结束时，听法的药叉大将及其眷属当即获大利乐。为报佛恩，他们发誓时时护卫修药师法的众生。无论是药师佛的大愿及功德，还是药叉大将的宏大誓愿，最根本一点，都是为了帮助一切有情众生，拔除业障之苦。所以这一法会，释尊为学众建立一个异常伟大的法门。那么，怎样为这一法门命名呢?法会结束之时，阿难特向释迦佛请示。经云：
尔时、阿难白佛言：「世尊!当何名此法门?我等云何奉持?」佛告阿难：「此法门名说药师琉璃光如来本愿功德;亦名说十二神将饶益有情结愿神咒;亦名拔除一切业障;应如是持!」
阿难请示释迦佛，这次法会所建立的法门应该叫什么名字，弟子们应怎样奉行执持。释迦佛告诉阿难及法会学众，这次法会所建立的法门可以叫「说药师琉璃光如来本愿功德」法门，也可以叫「说十二神将饶益有情结愿神咒」法门，还可以叫「拔除一切业障」法门。
法门指通达佛法真理的门径。佛所说的言论，是世人的准则，称之为法;众圣入道的通处，就叫做门。僧肇在维摩诘经注中说：「言为世则谓之法，众圣所由谓之门。」
为法会命名，就是对法会进行总结，点明法会的核心要义和主题思想。三个命名即从三个方面概括法会要义。「说药师琉璃光如来本愿功德」是从根源上告诉大家，本经所讲的是药师佛修行成功的经验，这一命名也是对全经内容的总结。「说十二神将饶益有情结愿神咒」是从效果上告诉大家，修习这一法门可以得神护佑，获得极大利益，这是对经文效用的总结。「拔除一切业障」才是经文的实质，是全经的根本落脚点。
释尊为拔除众生业障之苦而开演此经，此经最终的作用就是帮助众生拔除一切业障之苦。全经首尾呼应，一气贯通。事实上，只有拔除业障之苦才能真正得利益安乐，只有拔除业障之苦才能由凡转圣，由菩萨而至佛果。业行是命运的枢纽，只有改变自己的业行，以善业才能感来美好的命运。
经文的正文在这里就结束了，正文就是佛经的正宗分。下面一段叫做流通分，表明与会学人对所闻佛法的信奉和持受。
时薄伽梵，说是语已，诸菩萨摩诃萨，及大声闻，国王、大臣、婆罗门、居士、天龙、药叉、健达缚、阿素洛、揭路荼、紧捺洛、莫呼洛伽、人、非人等一切大众，闻佛所说，皆大欢喜，信受奉行。
法会结束，参加法会的所有的大菩萨、大声闻以及国王、大臣、婆罗门、居士和天龙八部、人、非人等，都受到极大的启迪，获得极大的利益，心中都非常欢喜。他们都诚心地接受世尊的教诲，并决心付诸实行。
经文第一段谈到听法众生中有天龙八部，这里便将八部众生的名字一一列出来了。其中健达缚又译作干达婆，阿素洛又译作阿修罗，揭路荼又译作迦楼罗，紧捺洛又译作紧那罗，莫呼洛伽又译作摩侯罗伽。对这八部众生前面已作过介绍，这里不重述。
这次法会上，释尊以无量慈悲，殷重为众说法，听法大众有何反响呢?十二位药叉大将听闻佛法后，立即就从流转恶趣的恐怖中解脱出来了，其他学众呢?经文没有对其他学众所蒙佛恩做一一的介绍，只用「皆大欢喜，信受奉行」八个字概括。
